FOAs øverste myndighed er kongressen
Der holdes ordinær kongres hvert 4. år i oktober kvartal. Mellem kongresserne er hovedbestyrelsen den øverste myndighed. Hovedbestyrelsen og kongressen formulerer FOAs mål, love og politikker.
Kongressen består af ca. 580 delegerede, som består af: Hovedbestyrelsen, de centrale sektorbestyrelser, 3 ungdomsrepræsentanter, 3 elevrepræsentanter, 3 lederrepræsentanter, 3 repræsentanter fra seniorerne og 500 delegerede fra afdelingerne, som er fordelt efter medlemstal pr. 1. januar i året før kongressens afholdelse.